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长链非编码RNA(lncRNA) 靶标数据库及预测软件汇总 及 环状RNA参考

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国内外长链非编码RNA的研究刚刚兴起,但已有相当多数据库资源供大家参考。

(1) ChIPBase提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 更新:2012年11月

(2)LNCipedia: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站:http://www.lncipedia.org 更新:2012年7月

(3)lncRNABase: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站:http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php 更新: 2013年11月

(4)lncRNAdb: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。网站:http://www.lncrnadb.org/ 更新:2011年7月

(5)LncRNADisease: 提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。 网站: http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease 更新:2012年7月

(6)NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到第三版。网站: http://www.noncode.org 更新:2012年1月

(7)NRED: 提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。网站:http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/ 更新: 2009年

(8)Arraystar:www.arraystar.com

(9)LncRNAWiki

miRNA-lncRNA互作的数据库:

starBase: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息。这些调控互作网络信息是 基于108高通量的CLIP-Seq实验数据。网站: http://starbase.sysu.edu.cn 更新: 2013年

DIANA-LncBase: 提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)的信息。网站:http://www.microrna.gr/LncBase 更新: 2012年

参考:http://m.medsci.cn/article/show_article.do?id=ebe72928918
环状RNA:
http://toolsbiotech.blog.fc2.com/
http://toolsbiotech.blog.fc2.com/blog-entry-26.html
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