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总结和整理学术文献

 

之前一直有小伙伴说新手看文献阶段,每天都在下文献、看文献,但是对于文献管理、分类、信息提取无从下手。阅读文献时提取重要信息以及对信息的批量整合是最重要的,所以本次是做一些网友在管理文献时的经验总结:如何总结和整理学术文献?

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来源:知乎

知乎用户:nerfing
管理文献:Mendeley
笔记工具:PDF
经验:重搜索,轻整理

个人认为整理文献主要目的是:能够在任何条件下,快速找到所需信息。任何好用的软件,都不如大批量多批次的文献阅读。

 

思路是:轻整理,重搜索。轻整理,是指不对文献分类,或者只是对文献简单分类。重搜索,是指利用不同的搜索工具,快速定位到我需要的文献。
 
1、重搜索

在新项目(写一篇综述,开始一个新课题或者完成一份大作业)开始之前,我会在Mendeley中根据不同项目,建立一个新文件夹。

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一个项目刚开始的时候,文件夹中没有文献,就需要先建立一份本地的文献原始积累。我习惯在Web of Science上根据关键词去找所需要的文献。
 

①比如我现在想看一下微流控单细胞测序(microfluidic single cell sequencing)最近的进展时,就去WoS搜:

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② 总共有214篇文献。我会把214篇文献的题目先全部浏览一遍,其中大概100篇需要下载看一下PDF。最后我会剩下大概50篇左右PDF,拖进Mendeley,建立原始的文献积累。
 
③ Mendeley会自动提取文献信息,按照文献的发表年份、期刊和文章题目将文献重命名,并将该文献自动整理到指定文件夹中,完成文献的原始积累。
 
我用Mendeley而不是Endnote做文献索引,主要是因为:
Mendeley是我用过所有的文献整理软件中,提取文章题目,发表年份和期刊等信息最准确和方便的软件。看到一篇有意思的文章,我只需要往Mendeley中一拖,它就会帮我自动提取文献信息建立条目,并将文件拷贝到指定文件夹中。其他的软件,要么是提取文献条目的准确度不高,要么就是建立文献条目非常麻烦,需要花大量的时间去建立条目,大大降低文献阅读效率。
 

④我又将这个Mendeley的文件夹中所有文献用Dropbox同步。

之后我要看文献时,只从这个文件夹中打开文献。这样做的好处就是,把所有的文献和笔记信息全部集中化了,不会造成信息碎片。

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⑤ 做笔记我也只在PDF上做,这样就不用另外开一个软件写笔记,并可以对自己感兴趣的信息直接标注,实现信息最大程度集中化。哪怕打印了纸版的文献,我在看完后也会把纸版上的笔记全部在PDF上标注,避免信息碎片化。

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⑥ 我看一篇文献,除了一些世界上的顶尖超级大牛,一般记不住作者的名字,但是我一般会对文章发表年份和所在期刊有很深的印象,而且一般题目又提供了文章中最主要的信息。
 
⑦ 所以我设置Mendeley自动根据文献的三个强信息:发表年、发表期刊和文章题目自动重命名,并结合Everything,在本地实现文献的第一重搜索。
 

如果搜索目标很明确,比如我现在想找一篇之前在Nature Drug Review上看过的关于drug combination的文章,由于关键词很明确,用Everything直接就从本地找到了,耗时不超过3秒。

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⑧ 如果搜索目标不那么明确,比如题主说的,“总感觉有些文献读过就忘记了,想用的时候想不起来”;或者找找一些特定的问题,不确定本地文献有没有。这个时候我一般会把所有能想到的关键词输入,上Google Scholar搜索。

这个时候,可能会找到一些文献在本地是有的,那就可以根据文献名,用Everything快速在本地找到对应的文献。

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如果一些文献本地没有,那就直接下载PDF,阅读后在Mendeley建立本地索引。
如果想要搜索特定一句话,或者在写文章的时候想对一些说法进行佐证,就可以用Mendeley的搜索工具。
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或者还是上Google Scholar:

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2、轻整理
① 之后随着时间的流逝,一个文件夹下的文献慢慢变多,这个时候就需要在Mendeley中建立子文件夹了,也就是传统意义上的整理。但是我不赞成把文献归类做的过细。对一个项目下简单分类,使每个子文件夹中的文献大概不超过50篇,再通过发表年份,期刊名,作者名等信息,也可以很容易找到所需的文章了。
 

② 但是我现在不会等文献很多了之后再去建立子文件夹,而是会在平时读文献的时候,根据一个项目下的不同问题,建立一些小的分类。在Mendeley中,同一篇文献是可以归属不同的文件夹的,所以在归文件夹的时候也不用那么纠结。

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最后,我想说的是,任何文献整理软件都不能代替人对文献的阅读,任何时候读文献中信息永远是第一位的。整理软件只能够帮助更加快速地找到所需的信息而已。
 
 
 

2

来源:知乎
知乎用户:乔智
收集文献:DEVONthink pro
管理文献:Zotero
管理笔记:Circus Ponies Notebook

1、收集文献:DEVONthink pro

目的:替代Mac Finder,收集整理文献。
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DEVONthink功能

a. 文件可以以相同或者不同的名称储存在同一个或者不同的文件夹;

b. 文件可以进行不同的标记(Label)和标签(Tag),我把标记用来表示重要程度(待读、当下可用、重要等),标签则涵盖核心信息;

c. 文件可以复制(Duplication)和建立替身(Replication),后者对一个替身文件的修改可以实现在所有文件上。我在文件夹中有Chapter3,这是我正在进行中的论文,我将我需要的文章全部替身到这个文件夹里,完成后再把这个文件夹里的替身全部删掉,但是我阅读的修改和标记已经全部在我的文献中保存了;

d. 左下方紫色文件夹为智能文件夹(Smart Group),可以自定义软件中任何一个规则,我仅仅是作为汇集标记的文件夹;

e. 可以将网页截屏为网页格式,或者pdf格式,平常看到有用信息可以立刻保存。

适用半个月,非常方便,还有更多更加细节的功能,这里只是一些最基础功能。

2、管理文献:Zotero

目的:直接形成参考。

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Zotero优势:

a. 可直接拖曳pdf,自动抓取元数据,导入参考信息;

b. 可输入书号,自动生成参考信息;

c. 可安装插件,显示参考数量。

补充:原本用Zotero整理文件,所以建立了文件夹,但是在用DEVONthink之后,就放弃在Zotero里继续整理了,通过插件在Word中可以很轻松的实现查找和输入。
 
3、管理笔记:Circus Ponies Notebook

目的:记录笔记,形成主题,安排提纲。

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Circus Ponies Notebook功能:

a. 收集笔记

a1. 上图是我的笔记本和主题本,按照“作者_年份_名称”命名,前面标“*”号代表需要归纳整理;

a2. 截图是某一篇期刊的内容,我将期刊分为摘要,摘录,总结,分别记各类信息:

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b. 形成主题:

b1. 上图是我的主题页面,我将所有读过的文献全部整理到了不同的主题之下,以此建立自己知识体系,并且方便以后查看;

b2. 侧面是参考,告知我具体信息从何而来。
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c. 安排提纲

c1. 上图是我为最近写作的论文安排的提纲页面;

c2. 不同的信息由笔记和主题以及持续的阅读中丰富提纲,基本上提纲建立完成,按照顺序写作也就可以了,侧面仍是“作者_年份”的参考信息。

总结

这是我用来整理文献和收集笔记的三个基本工具,也仅仅介绍了最最基本的功能,希望各位可以从中开发更多功能,养成更符合自己的习惯。

3

来源:知乎
知乎用户:menz
文献总结整理:Endnote
文献阅读:网页版Fulltext
文献笔记:Onenote
为什么使用这几个软件?因为这样最符合我的需求。
 
我们的需求是什么?
1、阅读文献的时候
排版舒服容易阅读(网页版和PDF都合适)
不懂的内容,即时Google(网页版较合适)

例如,内容中出现:“xxxxx[11]”。我希望马上看看这个参考文献[11]是什么。pdf版太烦了——要拖下去找这个参考文献[11],然后再滚上来,忘了刚刚看到哪了。这点(大部分文献的)网页版就很好,鼠标虚指一下[11]这个链接,参考文献的citation信息就显示出来,再点一下,直接就可以打开这个参考文献的页面。

在内容中highlight关键部分:IE可用Imarkup扩展;Firefox可用Wired-Marker。高亮记录永不丢失,并可搜索。

 

2、阅读的同时做笔记

Onenote可贴到屏幕右边,记录你的总结和火花。如果使用IE,Onenote还可以自动记住你是在阅读原文哪一段时做的这一句笔记。

所以,我阅读文献采用网页版,笔记采用onenote。

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3、做文献整理的时候
我对文献整理软件的唯一需求,就是能快速找到想要的那一篇/几篇文献。想找哪篇找哪篇,忘了关键信息也能找到,模糊检索也能找到。
 
想象以下场景:
我想找那篇之前读过的(标记已读/未读功能);
2005年发表的(排序功能);
分组在”Crystallography”组的(分组功能);
曾被我标记了”mTOR”标签的(标签功能);

忘了是题目还是内容中含有”pET28a”的(全文内搜索功能)的文献。

满足所有这些功能的,我知道的只有Endnote和Mendeley(可能还有别的软件)。我选择了Endnote。另外,把Endnote文件放在OneDrive/Dropbox等文件夹里,还可实现同步。
综上所述,我的选择是网页版阅读+Onenote笔记+Endnote整理。
摘自:https://mp.weixin.qq.com/s/M8lGLqvViyztXj-xtgKwGw
总结:
我用的是Citavi  这款软件分收费和免费版本 免费版本,每个项目低于100条参考文献 具体可参考:https://www.zhihu.com/question/20169073
有人回复:推荐德语区的Citavi软件,号称文献+知识管理,支持多种笔记方式;只要在浏览器中使用Citavi picker添加文献的,之后在网站检索时都会出现已经添加的标记,再也不用担心文献重复;文献引用格式可以任意自行修改;在软件中可以事先按论文大纲分别拖动文献至相应要点下,方便论文写作时随时添加参考文献;我的文献都保存在OneDrive中方便同步,不使用该软件的云(服务器在德国,速度慢)
摘下来供参考。

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